De renner van FDJ-BigMat was na een korte rit over ruim tachtig kilometer van Lagnieu naar Amberieu-en-Bugey de snelste in de sprint.
Hoetarovitsj, de leider in het algemeen klassement, had dinsdag al de eerste etappe op zijn naam geschreven.
Later op woensdag staat het tweede deel van de tweede etappe op het programma, een individuele tijdrit.
De Duitser André Schulze eindigde in Amberieu-en-Bugey als tweede, de Fransman Sebastian Chavanel werd derde.
Jasper Bovenhuis was op de elfde plaats de beste Nederlander, vlak voor Michel Kreder.
© ANP