De 33-jarige Fransman pakte in de tweede Pyreneeënrit, die werd gewonnen door Alejandro Valverde, voldoende punten om zijn rivaal Fredrik Kessiakoff voor te blijven.
De komende dagen zijn er nauwelijks punten te verdienen voor het bergklassement.
Voeckler, die deze ronde twee etappes won, deed vooral woensdag een gouden zaak. Hij arriveerde als eerste op alle cols en zag Kessiakoff in het laatste gedeelte wegvallen.
Om definitief tot winnaar van het bergklassement te worden gekroond, moet Voeckler de Tour wel uitrijden.
Lees alles over de Tour de France op onze special© NUsport