Corona en hoe dit jouw leven beïnvloedt

[Enzzo]

@ Daniel: weer eentje minder om je zorgen over te maken:

https://nos.nl/l/2348795#UPDATE-container-47723255

[daniel1975]

LOL, onder de 6 was dat al het geval

[Enzzo]

Ben je nog zo jong?

[Enzzo]

Wat achtergrondinformatie over de testen en de verhouding vals positief en vals negatief
(Mogelijk wel een betaald artikel voor niet abonnees)

https://www.nrc.nl/nieuws/2020/09/18/de ... t-a4012684

[thestudent]

Nee ik kon m gewoon lezen. Matig artikel met technische uitleg fouten. En het vals positief percentage gebeuren leggen ze dan zeer wijselijk niet uit. Specificiteit van 99-99.5% klinkt heel mooi, totdat je het uitrekent. En dat is in het geval van een goed afgenomen sample.

Het lijkt me inderdaad niet zo heel wenselijk dat de gebruikte genen en primer sets zo sterk verschillen tussen de labs. Het kan er inderdaad mee samenhangen dat bepaalde primers beter werken en specifieker zijn dan anderen.

Het te testen virus gen heeft eigenlijk helemaal niks te maken met de beschikbare testmaterialen. Meer met de voorkeur van t lab. De test wordt er ook niet wezenlijk anders door. Tenzij er nu bedrijven zijn die nu goud geld verdienen door premix corona PCR_mastermixen te verkopen met testprimers en al. Dan weet je in ieder geval wel heel zeker dat je teveel betaalt als regering.

Het is wel zo dat lang niet alle labs die reagentia zelf mixen en de fabrikanten van deze reagentia zullen inderdaad verschillen. Toch zou het niks uit moeten maken in de keuze voor welk gen je test en welke primers je daarvoor gebruikt. Als een lab wil wisselen van gen zou nagenoeg niks hoeven te kosten wanneer je gebruikt maakt van standaard reagentia en dus zelf je PCR-mix samenstelt.
Primers zijn niet al te duur, snel te bestellen en gewoon in 24h-service beschikbaar welke gensequentie je ook wil testen. En het mooiste is, ze zijn identiek waar je ze ook bestelt .
Bij een beetje standaardisering van je primer sets kan je makkelijk verschillende genen in dezelfde PCR-run testen. Je zou dus makkelijk 1 sample twee keer kunnen laden. 1x voor gen A en 1x voor gen B. Dat drukt natuurlijk wel zwaar op de capaciteit. Voor de rest gebruikmakend van dezelfde standaard buffer en polymerase premix.

Automatisering of robotica zou ook niets moeten uitmaken voor de uitslag of sensitiviteit van de gekozen PCR test en zou eigenlijk alleen maar de foutmarge moeten verlagen. Mensen maken meer fouten dan robots. Ik zou willen dat ik qRT-PCRs met robotica kon doen. Met de hand platen laden vind ik geen feestje.

50 cycli draaien is zeker niet beter dan 35 cycli draaien. Het kost alleen maar meer tijd en dat gaat ten koste van de capaciteit. De sensitiviteit neemt nauwelijks toe en de kans op vals positief neemt gigantisch toe.

Met 50 cycli is 1 molecuul virus RNA wel voldoende voor signaal.
Ik denk dat wanneer je op een testlocatie je 50 staafjes los op tafel legt en niet afneemt. Je er in een aantal daarvan nog signaal genereert. Er komen daar immers constant aerosolen van besmette mensen vrij. Alleen je moet je afvragen hoe betekenisvol dat signaal dan is. Met minder pcr-cycli kan je op een dag gewoon 30% meer samples verwerken en dat is uiteindelijk wat telt.

[53x11]

Ik las laatst een artikel (weet helaas niet meer waar. NY times wellicht) waarin gepleit werd voor 35 cycli. Gesteld werd dat tot 90% nu onterecht als besmet werd geïdentificeerd omdat het aangetroffen virus RNA dermate laag zou zijn dat van ziek worden/anderen besmetten geen sprake kon zijn.
Als je dat invult in mijn Bayesian Corona Spreadsheetje van een paar pagina's terug, dan kan je alleen maar concluderen dat het testen zoals dat nu gebeurt volkomen zinloos is. Iemand (Student wellicht?) die daar iets zinvols over kan zeggen?

[thestudent]

Heb mijn reactie nog wat aangepast. Ik heb zelf nog nooit op corona getest. Maar wel ervaring met het bepalen van expressie van plant genen met qRT-PCR.

In principe hebben ik een gestandaardiseerd testprotocol met 40 cycli. ( eigenlijk gebruikt iedereen dit in ons lab ). We passen onze primers voor de te testen genen vaak gewoon aan totdat we er eentje hebben die binnen het protocol goed werkt. Dat komt omdat wij in 1 sample vaak veel verschillende genen willen testen. Voor een corona-test kan je natuurlijk ook het protocol aanpassen aan het te testen gen.

Natuurlijk werkt niet elke primer even goed. Daarom maak je de eerste keer een verdunningsreeks waarbij je het gedrag van de amplificatie efficiëntie kan bepalen. ( temperatuur/amplificatie tijd etc is altijd hetzelfde ). En dit kan natuurlijk ook afhangen van de reagentia die je gebruikt. Die reagentia verschillen per lab.

Voor de expressie/hoeveelheid RNA gebruik je de Cq-waarde. Dat is de cyclus waarde waarbij je fluorescentie de drempelwaarde overstijgt. Het is meestal zo dat je signaal krijgt tussen de 16 en de 25 cycli ( in mijn geval ) afhankelijk van de expressie. En eigenlijk beschouw ik waarden als 32 als niet noemenswaardig. (AKAHet gen staat in dit sample niet of nauwelijks aan). Het komt ook regelmatig voor dat je No template Control (Waarin je alleen schoon water hebt toegevoegd in plaats van een sample) rond die 32-36 waarde ook een signaal vertoont. Dit komt door aerosolen die door het pipetteren van een sample zijn ontstaan. ( alles handmatig we zijn als uni lab te arm voor robots ). Werk je niet schoon dan kunnen die aerosolen een probleem worden, want je kan niet uitsluiten dat de reagentia niet meer schoon waren of dat samples elkaar besmet hebben. Gezien de variatie die handmatig pipetteren met zich meebrengt laden we elk sample ook 3x of 4x per primer. Afgezien van natuurlijk meerdere biologische samples. Dat komt omdat ik redelijk precies wil weten hoe veel signaal we krijgen in dat sample. Voor corona is dit ook niet zo relevant. Maar bij ons zorgen die technische replicates ook voor wat extra zekerheid.

Nou komt dat bij mijn werk in plantkunde allemaal wel eens voor. Bijvoorbeeld signaal in controles. Of andersom in 2 vd 4 replicates geen signaal. Het is ook niet zo erg als ik de test een keer moet herhalen. All in the game.

Maar ga je echt samples van mensen testen dan moet je echt wel zorgen dat je heel erg schoon werkt. En ik kan je toch wel enigszins garanderen dat wanneer je 50 cycli draait en je iemand hebt die handmatig samples opwerkt en op plaat laadt. Dat dat zo ongeveer een garantie is op signaal in minstens een aantal. Het hangt er natuurlijk ook vanaf hoe je dat interpreteert.

Ik schat in dat 35 cycli voldoende zal zijn in bijna alle gevallen. En 35 is echt al veel te zwak om relevant te zijn. Maar het is wel fijn om te weten dat je controles dan nog schoon zijn. Drempelwaarde is bij mij 32 als niet betekenisvol. En ik schat ook in dat vals Negatief vooral te maken heeft met de afname van de swab. Niet zozeer met de sensitiviteit van PCR an sich, tenzij er menselijke pipetteerfouten worden gemaakt.

[NicoNB]

Ik zou willen dat ik qRT-PCRs met robotica kon doen. Met de hand platen laden vind ik geen feestje.

Is dat het verhaal van geen funding of is hier iets te fabriceren?

[thestudent]

Funding. Je kan niet en een fluorescentie microscoop en de robot kopen he. de qPCR machine is overigens prima nog hoor. Zo lang er voldoende handen zijn kan je met zelf pipetteren ook nog eens redelijk flexibel werken. Theoretisch kan je met deze ene machine op ons lab ook gewoon makkelijk +-1200 corona samples per werkdag testen. Moet je alleen beetje vlot pipetteren en altijd klaarstaan met de volgende plaat .

Mocht er ooit net zo veel geld naar de Nederlandse Plant Science gaan als nu spontaan aan corona onderzoek wordt uitgegeven dan komt dat helemaal goed met die robot. De staat van sommige spullen is best erbarmelijk vind ik zelf.

Ik ben bang dat het toch in veel labs gewoon handwerk is net als bij ons. Maar we zijn wel vindingrijker op deze manier, want vaak kan het werk met simpele middelen ook gewoon gedaan worden. En 90% van de tijd voor een tiende van de prijs...

Ik durf hier ook wel te beweren dat geld uitgeven aan plant onderzoek ipv corona beter besteed zou zijn. Plant virussen en andere ziekten doden indirect meer mensen dan Corona. Als je niks te eten hebt door mislukte oogsten zal corona je een zorg zijn. Het is bewonderenswaardig hoe veel geld er ineens over de balk gesmeten kan worden door de politiek wereldwijd. Terwijl al jaren het grootste deel van gewoon goede onderzoeksvoorstellen wordt afgewezen in Nederland.

[RVV]

Dochter van 14 proest 4 keer in de klas en word naar huis gestuurd.. weer een lesdag weg gegooid. Knettergek zijn ze. Ze geeft overduidelijk aan dat ze hooikoorts klachten heeft en heel gevoelig is voor stof in de lucht ed. Nu zit ze gewoon gezond thuis op de bank. Morgen maar weer naar school toe.

[Orlok]

Tja, als je 'ziek' bent blijf je thuis, toch . . . . ?.

[53x11]

Hooikoorts is niet ziek hè?